南京大学物理学院成立于2009年12月30日，以南京大学物理学系为基础重组而成。南京大学物理系是我国基础研究的国家队和高端物理学人才培养的重要基地，重组后的南京大学物理学院以原物理系为主，增加了生物物理与软物质等相关学科，将进一步在“量子调控”“
纳米科技”“光伏电池”等专项领域和新兴产业发展方向发挥重要作用。
作为科技部"重大科学研究计划"量子调控项目的主要研究基地，南京微结构国家实验室的定位在以微结构科学和量子调控、分子工程学等为研究核心，以物理学、化学、材料科学与电子科学等交叉学科的基础研究和应用基础研究为主攻方向，以国际前沿、国家需求、自身积累、和学科交叉集成为依据，凝聚、汇集社会各方的力量和资源，逐步建设成为从事高水平科学研究、拥有高层次实验研究平台、形成高素质的科学技术队伍、具有规模较大、学科交叉、人才汇聚、管理创新、流动开放的国际一流实验室。实验室的主要研究内容为以下七个方向：1、人工微结构物理与工程学、2、量子调控的电子学、3、分子基光电功能体系 、4、超分子和纳米结构及其器件、5、软物质的结构与功能、6、微结构材料设计和理论计算、7、基于微结构的高新技术及其应用。
